Năm 2012, Chợ Lách chịu ảnh hưởng của 10 cơn bão và nhiều đợt áp thấp nhiệt đới, gây mưa trái vụ làm giảm năng suất nhiều vườn cây ăn trái, thiệt hại ước tính hơn vài chục tỷ đồng.
3 đợt lốc xoáy đi qua địa bàn các xã Phú Sơn, Vĩnh Bình, Long Thới, Sơn Định, Thị trấn,Tân Thiềng, Hòa Nghĩa, Vĩnh Thành làm bị thương 2 người, sập 11 căn nhà, tốc mái 62 căn. Bên cạnh đó, triều cường cũng gây ngập trên 2.500ha, thiệt hại trên 40 tỷ đồng. Tình hình xâm nhập mặn cũng diễn biến phức tạp, gây thiệt hại cho 500ha cây ăn trái và hơn 418 ngàn cây giống, thiệt hại ước tính khoảng 6.672 tỷ đồng.
Để kéo giảm thấp nhất những thiệt hại do thiên tai gây ra, tỉnh đã đầu tư xây dựng 3 tuyến đê bao ở ấp Vĩnh Hiệp, xã Vĩnh Thành, Lân Đông và Mỹ Sơn - xã Phú Sơn khép kín diện tích trên 600ha. Huyện tiến hành xây dựng 1 đập tạm trên sông Bến Bè và 7 đập ngăn mặn ở xã Phú Sơn với kinh phí gần 900 triệu đồng, đầu tư xây dựng 265 vị trí cống tạm, khép kín diện tích hơn 1.400ha vườn cây ăn trái. Huyện đã tổ chức thành công diễn tập vận hành cơ chế và 1 phần thực binh công tác phòng chống lụt bão tại xã Vĩnh Bình; triển khai kịp thời công tác cứu trợ, di dời và khắc phục hậu quả do thiên tai gây ra, giúp người dân sớm ổn định cuộc sống.
