Ngành y tế Bến Tre hiện có 5 bệnh viện tuyến tỉnh, 9 trung tâm y tế tuyến tỉnh, 2 chi cục (An toàn vệ sinh thực phẩm và Dân số - Kế hoạch hóa gia đình), 7 bệnh viện đa khoa huyện, 9 trung tâm y tế huyện, thành phố (quản lý y tế tuyến xã) và 9 phòng y tế huyện, thành phố trực thuộc UBND huyện, thành phố.
Trong tổng số 3.643 biên chế của toàn ngành (không tính ngoài công lập) có 353 bác sĩ, 288 bác sĩ chuyên khoa I, 28 bác sĩ chuyên khoa II, 14 thạc sĩ bác sĩ, 35 dược sĩ đại học, 6 dược sĩ chuyên khoa I, 1 dược sĩ chuyên khoa II, 1 thạc sĩ dược sĩ, 65 cử nhân điều dưỡng, 24 cử nhân hộ sinh…
Theo ông Nguyễn Văn Thắng - Phó Giám đốc Sở Y tế, hiện đội ngũ cán bộ y tế có trình độ chuyên môn sau đại học và đại học còn rất thấp, đặc biệt là cán bộ tuyến huyện và tuyến xã. Trước mắt, ngành y tế sẽ tập trung đào tạo cán bộ cho 25 xã điểm xây dựng nông thôn mới, theo kế hoạch của tỉnh đến năm 2015. Việc đào tạo này sẽ được tập trung để đảm bảo có 2 bác sĩ trên/trạm cho các xã từ 12 ngàn dân trở lên. Đồng thời đảm bảo cơ cấu cán bộ theo quy định: 100% xã có bác sĩ, 100% cán bộ y học cổ truyền, 100% y sĩ sản nhi hoặc nữ hộ sinh… Hiện tại, trong 25 xã điểm, còn xã Thành Triệu (Châu Thành), Lương Quới (Giồng Trôm) chưa có bác sĩ; Sơn Định, Tân Thiềng, Phú Sơn (Chợ Lách), Thành Triệu (Châu Thành), Đại Điền (Thạnh Phú), Nhơn Thạnh (TP. Bến Tre) chưa có y sĩ sản nhi; Tân Thủy, Mỹ Nhơn (Ba Tri), Quới Điền (Thạnh Phú), Long Hòa, Phú Thuận (Bình Đại), Châu Bình (Giồng Trôm), Cẩm Sơn (Mỏ Cày Nam), Nhơn Thạnh, Phú Nhuận (TP. Bến Tre) chưa có y sĩ đa khoa; Phú Thuận (Bình Đại), Châu Bình, Hưng Lễ, Lương Quới (Giồng Trôm), An Thới (Mỏ Cày Nam) và Phú Nhuận chưa có y sĩ y học cổ truyền.