Từ ngày 13 đến 16-4-2009, Đoàn kiểm tra liên ngành đường thủy nội địa đã tổ chức kiểm tra 32 bến thủy nội địa, 6 bến đò ngang, 2 công trình, 2 phương tiện trên các tuyến sông Bến Tre, sông Thom, rạch Ông Bồng, sông Cổ Chiên, kênh Chẹt Sậy, các sông: Giồng Trôm, Ba Lai, Cửa Đại.
Qua đó, đoàn đã tuyên truyền, giáo dục Luật Giao thông đường thủy, Nghị quyết 32 của Chính phủ… trực tiếp cho các chủ bến thủy, các cơ sở đóng mới phương tiện thủy, các phương tiện kinh doanh vận tải. Đồng thời đã đình chỉ hoạt động 6 bến thủy nội địa không có giấy phép mở bến, lập biên bản vi phạm hành chính 2 bến thủy nội địa không giấy phép mở bến, phát hiện 2 công trình vi phạm hành lang an toàn giao thông thủy, 2 phương tiện không sơn vạch dấu mức nước an toàn, giấy chứng nhận an toàn kỹ thuật hết hiệu lực. Nhắc nhở, giáo dục 12 trường hợp vi phạm khác.
Qua công tác kiểm tra, Đoàn cũng kiến nghị: Các cơ quan chức năng tiến hành nạo vét bãi cạn tuyến kinh Ngang (Mỏ Cày) để đảm bảo giao thông. Sở Điện lực nên thường xuyên duy tu, bảo dưỡng, sửa chữa đường điện cao thế vượt sông trên tuyến kênh Chẹt Sậy. Cắm biển báo hiệu đường điện này vì biển báo hiệu bị cũ, phai màu. Đề nghị UBND, Phòng Hạ tầng Mỏ Cày nay là Mỏ Cày Nam đình chỉ hoạt động bến bốc dỡ hàng hóa của Công ty TNHH vật liệu xây dựng Lê Minh Thanh hoạt động tại ngã ba sông Mương Điều và sông Ông Bồng vì mở bến không đúng qui định, không đảm bảo ATGT. Ban ATGT tỉnh có ý kiến với Thanh tra Cục Đường thủy nội địa kết hợp với UBND Mỏ Cày Nam có biện pháp cưỡng chế, tháo dỡ công trình xây dựng bờ kè, cầu dẫn chiếm luồng, hành lang ATGT tuyến kinh Mỏ Cày Nam của Công ty TNHH chăn nuôi thức ăn gia súc Tấn Lợi vì cơ quan chức năng đã nhắc nhở, xử lý vi phạm nhiều lần nhưng chưa tháo dỡ.