Năm 2012, tình hình kinh tế gặp nhiều khó khăn, giá nhiều mặt hàng nông sản thấp, ảnh hưởng rất lớn đến đời sống nông dân. Tuy nhiên, giá trị sản xuất nông - lâm - thủy sản tăng 8,29%, trong đó sản xuất nông nghiệp tăng 4,2%; thủy sản tăng 11,91%.
Cơ cấu sản xuất nông nghiệp chuyển dịch theo hướng tích cực, tỷ trọng ngành trồng trọt giảm dần, chăn nuôi gia súc, gia cầm và nuôi trồng thủy sản ngày càng tăng cao. Dự báo, năm 2013 ngành nông nghiệp sẽ tiếp tục gặp nhiều khó khăn. Tình hình hạn mặn có thể xảy ra gay gắt hơn, kéo dài hơn, giá hàng nông sản tiếp tục giảm ở mức thấp, các sản phẩm đạt chứng nhận GAP bán không được nhiều. Sâu đục trái trên bưởi da xanh, bọ vòi voi trên dừa, bệnh chổi rồng trên nhãn ngày càng lan rộng. Các mô hình được xây dựng mang hàm lượng ứng dụng khoa học - công nghệ chưa cao, nhiều mô hình đã được tổ chức triển khai nhưng khó nhân rộng, do thiếu sự quan tâm đầu tư, lãi không cao, tiêu thụ khó. Chăn nuôi gia súc, gia cầm, cá tra kém hiệu quả, do giá thức ăn tăng cao, giá bán thấp. Nuôi tôm biển gặp thời tiết bất thường, dịch bệnh xảy ra. Kinh phí đầu tư từ phía Nhà nước không nhiều, ảnh hưởng đến việc triển khai các dự án xây dựng cơ bản, dự án nông nghiệp.
Theo phương hướng năm 2013, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn sẽ tiếp tục đầu tư thêm 135ha lúa Cánh đồng mẫu lớn tại xã Mỹ Nhơn (Ba Tri), nâng diện tích toàn tỉnh lên 327ha; triển khai từ 1.600-2.000ha Vườn dừa mẫu ở xã Phước Thạnh (Châu Thành), Lương Quới (Giồng Trôm). Tiếp tục thực hiện các Dự án phát triển nông nghiệp, trong đó quan tâm đến dự án trồng cacao xen trong vườn dừa, lồng ghép nhiều tổ liên kết sản xuất cacao được chứng nhận tiêu chuẩn UTZ. Khuyến khích nông dân nhân rộng mô hình trồng xen, nuôi xen trong vườn dừa để nâng cao hiệu quả trên cùng một đơn vị diện tích. Tuyên truyền vận động người chăn nuôi thực hiện tiêm phòng, vệ sinh tiêu độc, khử trùng trong chăn nuôi, cải tạo ao nuôi tôm, quan tâm phòng trừ sâu hại, dịch bệnh…