Thực hiện theo Thông tư số 19 của liên Bộ GD&ĐT và Bộ Y tế về chăm sóc sức khỏe học đường, từ ngày 15 đến 17-2-2012, Trường THPT Chuyên Bến Tre đã phối hợp với Trung tâm Y tế thành phố Bến Tre tổ chức khám sức khỏe cho học sinh của trường. Đoàn gồm 11 bác sĩ và nhân viên y tế tiến hành khám tổng quát hơn 450 học sinh (khối 10 và khối 11).
Việc khám sức khỏe định kỳ nhằm sớm phát hiện những học sinh mắc bệnh để tư vấn, thông báo với phụ huynh có hướng điều trị kịp thời và hiệu quả. Qua đánh giá sơ bộ của bác sĩ Hồ Văn Hải, phần lớn học sinh của trường sức khỏe đạt kênh A theo tiêu chuẩn của Bộ Y tế. Tuy nhiên, cũng còn một số học sinh mắc bệnh về mắt, răng và nhẹ cân. Do vậy, việc tổ chức khám sức khỏe tổng quát, định kỳ là rất cần thiết cho việc chăm sóc, bảo vệ sức khỏe và phát triển thể chất cho học sinh.