Tổ chức bộ máy của Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (NN&PTNT) có 5 phòng chuyên môn, 1 cơ quan thanh tra, 8 chi cục và 6 đơn vị sự nghiệp. Ông Nguyễn Minh Cảnh - Phó Giám đốc Sở cho biết, sau khi sáp nhập hai sở (Sở Thủy sản vào Sở NN&PTNT, từ năm 2008), các phòng, cơ quan, đơn vị trực thuộc đang hoạt động ổn định theo chức năng được giao.
Tuy nhiên, về mặt pháp lý, bên cạnh một số chi cục, đơn vị được UBND tỉnh ra quyết định thành lập, hiện vẫn còn một số chi cục chưa có quyết định giao nhiệm vụ từ UBND tỉnh mà chỉ có quyết định tạm giao nhiệm vụ của Sở NN&PTNT. Một số chi cục, đơn vị cũng còn chồng chéo chức năng, nhiệm vụ và đang từng bước được Sở điều chỉnh. Trong năm 2011, Sở NN&PTNT đã ra quyết định điều chỉnh nhiệm vụ quản lý con giống (thủy sản) và dịch bệnh thủy sản từ Chi cục Thú y sang Chi cục Nuôi thủy sản; chuyển nhiệm vụ quản lý thức ăn thủy sản, chế phẩm sinh học từ Chi cục Nuôi trồng thủy sản sang Chi cục Thú y quản lý. Theo đánh giá của Ban Giám đốc Sở NN&PTNT, qua một năm thực hiện, hai chi cục đã thực hiện tốt nhiệm vụ, đồng thời giảm bớt phiền hà cho nhân dân và các cơ sở kinh doanh.
Hiện tại, Sở NN&PTNT đang dự thảo đề án chuyển giao nhiệm vụ quản lý Nhà nước về lâm nghiệp cho Chi cục Kiểm lâm và quy định lại chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của chi cục này. Tuy nhiên, một số chi cục mới thành lập sau khi hợp nhất hai sở chưa được UBND tỉnh giao chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và tổ chức bộ máy và cho đến nay cũng chưa có thông tư hướng dẫn liên Bộ NN&PTNT - Bộ Nội vụ. Về vấn đề này, ông Lê Vĩnh Bình - Giám đốc Sở Nội vụ cho biết, theo quy trình, Sở NN&PTNT tham mưu giúp UBND sớm ban hành quyết định quản lý cho các chi cục, trong khi chờ có thông tư chính thức từ Bộ.
