Để quản lý vùng nuôi tôm biển, huyện Bình Đại đã thành lập tổ công tác liên ngành và phối hợp với UBND các xã có ao nuôi tôm ngoài vùng quy hoạch tổ chức tuyên truyền, vận động nhân dân thực hiện các quy định về quản lý quy hoạch sử dụng đất đúng mục đích và yêu cầu cam kết không khoan giếng nước mặn để nuôi tôm biển trong vùng ngọt hóa.
Từ đầu năm 2012 đến nay, huyện đã xử lý lấp 5 cây giếng nước mặn ở xã Phú Long và xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực sử dụng đất 1 trường hợp ở xã Thới Lai (đào ao nuôi tôm biển ngoài vùng quy hoạch), với số tiền 20 triệu đồng. Huyện cũng đã vận động hộ dân chuyển đổi cơ cấu cây trồng, vật nuôi thích hợp, hiệu quả, bền vững theo quy hoạch ngọt hóa; tập huấn chuyển giao khoa học kỹ thuật, xây dựng mô hình trồng xen, nuôi xen như trồng cacao xen trong vườn dừa, nuôi tôm càng xanh trong mương vườn, trình diễn giống lúa mới để nâng cao thu nhập trong vùng ngọt hóa.