Tuyến rạch và kênh Mỏ Cày nối liền sông Hàm Luông và sông Cổ Chiên có chiều dài khoảng 18km, đi qua các xã Thành Thới B, Định Thủy, Tân Thành Bình, Khánh Thạnh Tân, An Thạnh, Đa Phước Hội, Hòa Lộc, Thị trấn Mỏ Cày, Tân Hội, được Cục Đường thủy nội địa Việt Nam giao cho Đoạn Quản lý đường thủy nội địa (ĐQLĐTNĐ) số 11 quản lý.
Tuyến được chia thành 2 đoạn sông với các thông số kỹ thuật như: Rạch Mỏ Cày (từ ngã tư kênh Ông Huyện), dài 7km, rộng 100m; Kênh Mỏ Cày (từ ngã tư kênh Ông Huyện đến ngã ba sông Cổ Chiên), dài 10,9km, rộng 65m. Năm 2002, trên cơ sở thống nhất của Chi cục Đường sông phía Nam, Đoạn QLĐTNĐ số 11 đã cắm mốc chỉ giới trên một số tuyến kênh, trong đó có tuyến rạch và kênh Mỏ Cày là tuyến cấp III. Đối với rạch Mỏ Cày phạm vi bảo vệ luồng là 80m, trong đó luồng chạy tàu là 50m, hành lang bảo vệ luồng (mỗi bên) 15m; kênh Mỏ Cày, phạm vi bảo vệ luồng 70m, hành lang bảo vệ luồng (mỗi bên) là 15m. Sau khi cắm mốc, Đoạn đã tiến hành bàn giao mốc cho UBND các xã ven sông quản lý. Việc cắm mốc này đã góp phần rất lớn trong việc qui hoạch xây dựng các công trình ở địa phương, hạn chế được tình trạng lấn chiếm hành lang bảo vệ luồng. Trong quá trình tổ chức khai thác và sử dụng tuyến kênh Mỏ Cày, do nhu cầu phát triển kinh tế, đặc biệt là thuận lợi cho xây dựng các công trình, bến thủy dọc tuyến kênh, ngày 13-3-2009, UBND huyện Mỏ Cày đã có công văn số 81 gởi các ngành chức năng đề nghị điều chỉnh chỉ giới đường thủy nội địa trên tuyến kênh này. Cụ thể giảm chiều rộng luồng từ 40m xuống còn 30m, hành lang bảo vệ luồng từ 15m xuống còn 10m. Tuy vậy, tại thời điểm trên do chưa có văn bản qui phạm pháp luật hướng dẫn nên kiến nghị trên chưa được cơ quan quản lý luồng thống nhất. Thế nhưng nếu căn cứ Thông tư số 23 ngày 31-3-2011 của Bộ Giao thông vận tải qui định về quản lý ĐTNĐ và tiêu chuẩn quốc gia TCVN 5664-2009 về việc công bố tiêu chuẩn quốc gia thì luồng chạy tàu đối với sông cấp III >50m, hành lang bảo vệ (mỗi bên) >10m; đối với kênh cấp III >35m; hành lang bảo vệ (mỗi bên) >10m. Cho nên, Đoạn QLĐTNĐ số 11 đã có công văn đề nghị Chi cục ĐTNĐ phía Nam thống nhất điều chỉnh kích thước luồng và hành lang bảo vệ trên rạch Mỏ Cày và kênh Mỏ Cày theo cận dưới của qui định trên. Ngày 13-4-2012, Chi cục ĐTNĐ phía Nam đã có Công văn số 26 thống nhất chiều rộng luồng trên kênh Mỏ Cày là B.35m, hành lang bảo vệ luồng mỗi bên >10m. Cụ thể kích thước thế nào Đoạn QLĐTNĐ số 11 thống nhất với địa phương xác định phạm vi bảo vệ luồng để làm cơ sở cho việc quản lý và xử lý vi phạm. Để thống nhất phương án giữ nguyên phạm vi bảo vệ luồng như trước đây (năm 2002) đã công bố hay điều chỉnh phạm vi bảo vệ luồng với giới hạn tối thiểu theo qui định hiện hành, ngày 24-4-2012, Ban An toàn giao thông tỉnh đã tổ chức cuộc họp với các ngành liên quan và chính quyền huyện Mỏ Cày Nam, Mỏ Cày Bắc, các xã có sông đi qua để lấy ý kiến thực hiện theo phương án tối ưu.
Tại cuộc họp, các đại biểu đã đi đến thống nhất giữ nguyên hiện trạng ban đầu, tức chiều rộng luồng 40m, hành lang bảo vệ luồng mỗi bên 15m. Bởi phương án này có ưu điểm là phạm vi luồng tàu chạy rộng thuận tiện cho vận tải thủy nội địa trên tuyến kênh Mỏ Cày; không phải thống kê công trình lấn chiếm và điều chỉnh lại mốc chỉ giới đã cắm. Tạo điều kiện thuận lợi để sau này huyện tiến hành qui hoạch giải tỏa làm bờ kè dọc theo tuyến kênh. Đồng thời, xử lý các hộ lấn chiếm xây dựng trái phép các công trình. Hiện trên tuyến kênh này có rất nhiều bến thủy nội địa được các chủ bến đầu tư với qui mô lớn như các bến chỉ xơ dừa tồn tại rất nhiều năm nằm dọc theo hai bên bờ kênh. Một số công trình được xây dựng kiên cố bằng bê-tông cốt thép. Năm 2008, Trạm Quản lý ĐTNĐ cùng các cơ quan liên quan khảo sát một số bến thủy nội địa xây dựng lấn chiếm phạm vi luồng tàu chạy. Cụ thể như công trình của ông Vũ Dương Thành ở xã Tân Hội (Mỏ Cày Nam) mức độ lấn chiếm phía thượng lưu hướng ra sông Hàm Luông 4,8m, phía hạ lưu hướng ra sông Cổ Chiên 3,2m. Hai công trình của ông Lê Tấn Tài tại vị trí 9+322, bờ phải kênh Mỏ Cày Nam xã Đa Phước Hội, đã đóng cọc dọc sông chiều dài 34m, chiếm hành lang bảo vệ luồng 15m và lấn chiếm vào luồng chạy tàu 5m. Công trình tại vị trí 8+685, bờ phải Mỏ Cày Nam thuộc ấp Phú Quới, xã Đa Phước Hội, đã xây dựng bờ kè có chiều dài 12m, chiếm hành lang bảo vệ luồng 6m. Mặc dù thời gian qua các cơ quan chức năng đã nhiều lần phối hợp nhắc nhở, yêu cầu các chủ công trình tự tháo dỡ và đình chỉ hoạt động nhưng hiện hay vẫn chưa được xử lý dứt điểm. Tại cuộc họp các đại biểu đã thống nhất giao cho Đoạn QLĐTNĐ số 11 sớm xác định số diện tích vi phạm của một số công trình xây dựng trên tuyến kênh Mỏ Cày để bàn giao lại cho UBND huyện xử lý theo qui định của pháp luật, thời gian trước ngày 15-5-2012. UBND huyện Mỏ Cày Nam, Mỏ Cày Bắc phối hợp với Đoạn QLĐTNĐ số 11 thống kê các hộ đã được cấp quyền sử dụng đất trên phạm vi bảo vệ hành lang luồng để có biện pháp xử lý.
