Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh thực hiện chức năng quản lý Nhà nước và giải quyết thủ tục hành chính tại các khu công nghiệp của tỉnh trong các hoạt động:
cấp mới, cấp lại, cấp điều chỉnh giấy chứng nhận đầu tư; cấp, gia hạn giấy phép xây dựng công trình đối với công trình xây dựng có giấy phép xây dựng theo quy định của pháp luật về quản lý dự án đầu tư xây dựng công trình; cấp, cấp lại, gia hạn giấy phép lao động cho người nước ngoài làm việc trong khu công nghiệp; cấp giấy xác nhận hợp đồng thuê đất, văn bản về bất động sản trên đất trong khu công nghiệp. Ban giải quyết thủ tục hành chính theo cơ chế một cửa tại chỗ nên tạo được sự thuận lợi cho doanh nghiệp khi tiếp cận đầu tư tại các khu công nghiệp Bến Tre. Tuy nhiên, do biên chế còn thiếu và còn một số thủ tục, cơ chế hoạt động còn chồng chéo, nên Ban còn gặp nhiều khó khăn trong thực thi nhiệm vụ được phân công.
Đoàn kiểm tra cải cách hành chính do Sở Nội vụ tổ chức đã đến tìm hiểu, và cùng tháo gỡ những vướng mắc, tồn tại với Ban Quản lý các khu công nghiệp tỉnh, vào sáng 15-8-2012. Ông Lê Vĩnh Bình - Giám đốc Sở Nội vụ - Trưởng đoàn kiểm tra đã ghi nhận những khó khăn về nhân sự và cho biết sẽ tham mưu UBND tỉnh sớm có những quyết định điều động, tuyển dụng phù hợp. Ông Bình cũng lưu ý Ban Quản lý các khu công nghiệp phải thực hiện một cách toàn diện các nội dung, đặc biệt là thể hiện trách nhiệm người đứng đầu đơn vị trong thực hiện công tác cải cách hành chính.