Hiện nay, đàn bò của huyện Thạnh Phú lên đến 26.000 con. Điều đáng lo ngại trong việc chăn nuôi bò là chất thải rất nhiều, làm ô nhiễm môi trường.
Để khắc phục tình trạng này, đầu năm 2009, huyện đã vận động nhân dân xây dựng hầm biogaz để xử lý chất thải trong chăn nuôi. Huyện đã đầu tư thí điểm xây dựng 11 hầm biogaz theo hình thức ống đứng ở các xã có phong trào chăn nuôi bò phát triển mạnh (Phú Khánh, Quới Điền, Đại Điền). Để tạo điều kiện trong việc triển khai thực hiện, huyện đã hỗ trợ cho nông dân 50% kinh phí mỗi hầm. Bên cạnh đó, huyện cũng đã đầu tư xây dựng thí điểm 8 hầm biogaz theo hình thức cầu vòm ở các xã Thạnh Phong, Tân Phong. Ngoài ra, trong chương trình khí sinh học, do Trung ương đầu tư đã hỗ trợ thêm cho nông dân Thạnh Phú 1,2 triệu đồng để xây dựng mỗi hầm biogaz. Chương trình hợp tác phát triển trong lĩnh vực môi trường Việt Nam - Hà Lan cũng đã đầu tư cho nông dân ở huyện xây dựng 5 hầm biogaz lớn kinh phí từ 13 - 18 triệu đồng (không hoàn lại). Đặc biệt, đối với những hộ khó khăn, Ngân hàng Phát triển Châu Á, Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho nông dân vay vốn để xây dựng hầm biogaz với lãi suất thấp. Nhờ vậy, đến nay, huyện Thạnh Phú có 94 hộ xây dựng hầm biogaz. Quới Điền là xã có số hầm biogaz nhiều nhất, trên 20 hầm.
Khi xây dựng hầm biogaz, các hộ này đã xử lý được chất thải của bò, heo trong chăn nuôi, đảm bảo vệ sinh môi trường, khắc phục tình trạng ô nhiễm, làm sạch nhà, đẹp ngõ, tôn tạo cảnh quan môi trường, thể hiện nét văn hóa ở nông thôn. Không những thế, hầm biogaz còn tạo ra một lượng khí sinh học phục vụ sinh họat, thay thế các nguyên liệu như củi, ga, điện.