Thực hiện Công văn số 2072/SYT-DS ngày 13-11-2009 của Sở Y tế tỉnh Bến Tre, cán bộ chuyên trách công tác DS-KHHGĐ khi chuyển về làm việc tại trạm y tế, được bố trí vào cơ cấu tổ chức bộ máy hoạt động của trạm y tế, là một bộ phận chuyên môn của trạm… Để thực hiện tốt công tác tổ chức, Trung tâm DS-KHHGĐ và Trung tâm Y tế Thành phố Bến Tre đã xây dựng qui chế phối hợp về chức năng nhiệm vụ để mỗi đơn vị bám sát nội dung chuyên môn nghiệp vụ theo chuyên ngành, phù hợp với chức năng và nhiệm vụ được phân công. Cụ thể như sau:
Trung tâm DS-KHHGĐ trực tiếp quản lý, điều hành cán bộ chuyên trách DS-KHHGĐ làm việc tại trạm y tế và chỉ đạo thực hiện chuyên môn nghiệp vụ trong lĩnh vực DS-KHHGĐ đối với trưởng trạm y tế và cán bộ chuyên trách dân số. Trung tâm Y tế quản lý trực tiếp về nhân sự và các hoạt động chuyên môn nghiệp vụ đối với trạm y tế.
Trạm y tế quản lý và triển khai thực hiện toàn bộ công tác chuyên môn, nghiệp vụ y tế trên địa bàn theo chức năng và nhiệm vụ, đồng thời hỗ trợ nhân sự phục vụ các hoạt động y tế khác theo chỉ đạo của UBND xã, phường và Trung tâm Y tế Thành phố; tích cực hỗ trợ thực hiện cung cấp dịch vụ chuyên môn kỹ thuật về chăm sóc sức khỏe sinh sản, công tác DS-KHHGĐ trên địa bàn và một số công tác khác có liên quan theo yêu cầu của Trung tâm DS-KHHGĐ và khoa chăm sóc sức khỏe sinh sản (Trung tâm Y tế); trực tiếp quản lý về công tác tổ chức và nhân sự đối với cán bộ chuyên trách dân số làm việc tại trạm, nắm rõ các chủ trương, chế độ chính sách và các nội dung hoạt động về chương trình DS-KHHGĐ trên địa bàn; tham mưu xin ý kiến chỉ đạo của Trung tâm DS-KHHGĐ và Trung tâm Y tế Thành phố về các kiến nghị, các quyết định thay đổi nếu có; bổ sung quy chế làm việc và phối hợp làm việc đối với cán bộ chuyên trách; công khai các nguồn kinh phí dành cho chương trình y tế.
Cán bộ chuyên trách công tác DS-KHHGĐ phải chấp hành sự điều hành, chỉ đạo trực tiếp về chuyên môn nghiệp vụ và một số lĩnh vực khác của Trung tâm DS-KHHGĐ, trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, phải thông qua trạm y tế để nắm được thông tin và hỗ trợ khi cần thiết. Cán bộ chuyên trách có trách nhiệm và quyền lợi như mọi thành viên khác của trạm y tế; phải chịu sự quản lý trực tiếp của Trưởng trạm y tế, thực hiện các yêu cầu của trạm như: vị trí làm việc, thực hiện nội qui, quy chế, đảm bảo ngày giờ công, vệ sinh, bảo vệ cơ quan; thực hiện tốt công tác chuyên môn nghiệp vụ theo chuyên ngành và sẵn sàng hỗ trợ một số lĩnh vực y tế khác phù hợp với năng lực theo yêu cầu của trạm y tế; đảm bảo công tác bàn giao đúng thủ tục, thông báo các mục tiêu, chỉ tiêu thực hiện và phải thống nhất về các số liệu cơ bản giữ y tế và dân số; công khai các nguồn kinh phí dành cho chương trình DS-KHHGĐ cho trạm y tế.