Mùa nắng cùng với nước mặn là môi trường tốt cho các loại dịch bệnh phát sinh. Để phòng ngừa có hiệu quả, ngày 9-4-2010, UBND tỉnh đã chỉ đạo cho ngành NN&PTNT triển khai nhanh các biện pháp phòng chống, giám sát chặt chẽ dịch bệnh. Tập trung vào các đối tượng bệnh như: lở mồm long móng, heo tai xanh, các bệnh trên gia cầm.
Theo Chi cục Thú y, hiện toàn tỉnh có khoảng 330.000 con heo, 3,5 triệu gia cầm, trong đó đàn vịt chiếm 50%. Để đề phòng bệnh lở mồm long móng có hiệu quả, Chi cục Thú y đã cấp 90.000 liều vaccin. Cục Thú y cũng đã hỗ trợ Bến Tre 8,3 triệu liều vaccin cúm gia cầm. Hiện công tác triển khai phòng chống khá thuận lợi, các địa phương cũng đã ý thức tốt và có nhiều giải pháp tích cực. Huyện Mỏ Cày Nam có số đầu heo nhiều nhất tỉnh, với 170.000 con, đã tiêm 23.000 liều vaccin bệnh lở mồm long móng cho heo. Ba Tri, dịch cúm gia cầm xảy ra tháng 3-2010 tuy đã được công bố hết dịch, nhưng huyện vẫn tiêm bổ sung 270.000 con tái đàn, vịt đẻ.