Để góp phần làm đa dạng các loại hình du lịch gắn với hoạt động du lịch sinh thái sông nước miệt vườn, các chủ cơ sở hoạt động kinh doanh du lịch trên địa bàn huyện Châu Thành đã phát triển loại hình vận chuyển khách bằng đường thủy.
Hiện tại, trên địa bàn huyện có 52 đò máy (Miền Tây, Lô Hội, Du lịch vườn Hàm Luông, Vườn dâu An Khánh), 71 đò chèo (Quê Dừa, Bến Trúc, Lê Bình Kha, Vườn dâu An Khánh).
Đa số các cơ sở thực hiện đúng các quy định, thủ tục hoạt động bến thủy nội địa và đảm bảo phục vụ du khách an toàn. Tuy nhiên, vẫn còn một số ca-nô chưa vẽ biển số, một số tài công chưa có giấy chứng nhận hoạt động vận chuyển khách du lịch bằng phương tiện thủy nội địa, trụ dừa tại cầu tàu một số nơi đã xuống cấp, biển báo bến đậu bị cây che khuất tầm nhìn… Các cơ sở đã cam kết thời gian khắc phục từ tháng 9 đến cuối năm 2013.
