Tiếp theo nhiệm kỳ khóa VIII (2000-2005), nhiệm kỳ khóa IX (2005-2010) Thị xã vẫn quan tâm nhiều đối với công tác đền bù thiệt hại giải phóng mặt bằng. Bởi lẽ, nhiều công trình xây dựng hạ tầng đô thị được thực hiện với điều kiện không thể thiếu là phải có mặt bằng để triển khai.
Kết quả trong hai năm rưỡi qua (2006-2007 và nửa năm 2008), Thị xã đã thực hiện đền bù giải tỏa, giải phóng mặt bằng phục vụ thi công 14 công trình, với tổng diện tích đất thu hồi trên 266.000 m2 và tổng kinh phí bồi thường trên 75 tỷ đồng. 604 hộ, trong đó có 211 hộ giải tỏa trắng đã chấp hành phương án đền bù giải tỏa, bàn giao mặt bằng cho các công trình xây dựng. Trên 150 hộ được bố trí tái định cư.
Để thực hiện công trình đường vào cầu Hàm Luông trên địa bàn phường 6 và xã Bình Phú, Nhà nước phải thu hồi trên 71.000 m2 đất với kinh phí bồi thường trên 12 tỷ đồng. 105 hộ, trong đó có 12 hộ bị giải tỏa trắng đã chấp hành nghiêm phương án đền bù giải tỏa, bàn giao mặt bằng để thi công công trình đúng thời gian qui định. Đặc biệt, đối với công trình này thực hiện vận động theo Công văn 1391/UBND-XDCB của UBND tỉnh, có 89 hộ đã đóng góp trên 13.000 m2 đất không nhận tiền bồi thường trên 1 tỷ 200 triệu đồng. Nhiều hộ có diện tích đất bị giải tỏa nhiều đã chấp hành tốt phương án bồi thường như hộ ông Nguyễn Văn Lơ có diện tích bị thu hồi trên 1.300 m2, hộ ông Trần Văn Hổ có diện tích thu hồi trên 2.500 m2. Công trình hệ thống thoát nước vỉa hè, cây xanh, chiếu sáng tuyến tránh quốc lộ 60 có diện tích đất thu hồi trên 34.000 m2 của 238 hộ (40 hộ giải tỏa trắng). Thực hiện Công văn 266/CV-UB của UBND tỉnh, 287 hộ trên công trình này đã đóng góp trên 16.000 m2 đất trị giá trên 8 tỷ đồng. Công trình xây dựng trụ sở Công an tỉnh và khu tái định cư phải thu hồi trên 83.000 m2 đất của 191 hộ với tổng số tiền bồi thường trên 37 tỷ đồng. Trong đó hộ ông Phạm Ngọc Thanh Nhân đã thực hiện tốt phương án đền bù giải tỏa bàn giao trên 3.000 m2 đất cho công trình.
Công tác bồi thường thiệt hại giải phóng mặt bằng trên địa bàn Thị xã ngày càng chuyên sâu, từng bước được cải tiến, hạn chế dần các sai sót, chậm trễ. Thời gian hoàn thành giải phóng mặt bằng một số công trình nhanh hơn trước (như công trình đường vào cầu Hàm Luông, Công trình trụ sở Công an tỉnh và khu tái định cư). Qui trình thực hiện công tác giải phóng mặt bằng đảm bảo đúng trình tự thủ tục Nhà nước qui định. Ban bồi thường thiệt hại giải phóng mặt bằng Thị xã đã áp dụng một số biện pháp có liên quan như: yêu cầu hộ tự kê khai đất đai, nhà ở, vật kiến trúc, cây trái… bị thiệt hại trước khi kiểm kê chính thức, đã hạn chế được các sai sót phải bổ sung phương án đền bù. Sau khi có Nghị định 84/2007/NĐ-CP của Chính phủ, đối với mỗi công trình, Ban bồi thường thiệt hại giải phóng mặt bằng Thị xã đã tổ chức công bố bản dự thảo phương án bồi thường cho người bị thu hồi đất để lấy ý kiến đóng góp. Do đó, sau khi tiếp thu ý kiến đóng góp chấn chỉnh và được phê duyệt chính thức, các phương án bồi thường được sự thống nhất cao hơn. Ban bồi thường thiệt hại giải phóng mặt bằng Thị xã còn kết hợp chặt với Văn phòng đăng ký quyền sử dụng đất Thị xã và UBND xã, phường để kiểm tra kỹ số liệu về đất đai, do đó lập phương án bồi thường cho từng hộ cũng chính xác hơn.
Từ nay đến năm 2010, công tác bồi thường thiệt hại giải phóng mặt bằng vẫn còn nặng nề đối với Thị xã. Nhiều công trình đang chuẩn bị khởi công như sân vận động tỉnh, cầu Bến Tre 1… đòi hỏi thị xã Bến Tre không được ngơi nghỉ trong công tác bồi thường; trong đó biện pháp tuyên truyền, vận động người bị thiệt hại được đặt lên hàng đầu. Song song đó, phải thực hiện nhanh chóng và chính xác hơn nữa các khâu: kiểm kê thiệt hại, lên phương án đền bù và giải quyết các khiếu nại của người bị giải tỏa.
