Hiện nay, Dự án Thủy lợi Bắc Bến Tre chưa xây dựng hoàn chỉnh nên việc lập lịch vận hành cống Ba Lai luôn gặp khó khăn do phải bảo đảm mục tiêu nhiệm vụ của dự án là phục vụ phía thượng lưu cống đập Ba Lai; đồng thời phải cân nhắc kết hợp phục vụ nuôi thủy sản và sản xuất muối ở hạ lưu cống. Do thời gian và số lần xổ cống còn hạn chế nên tốc độ bồi lắng sông Ba Lai đang diễn ra rất nhanh.
Việc bồi lắng đang ảnh hưởng đến lưu lượng chứa nước sông
Ba Lai và vận chuyển hàng hóa nội địa đường thủy trên sông Ba Lai. Ông Nguyễn
Văn Buội - Phó giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cho rằng, qua hiện
trạng vận hành cống đập cũng như nuôi sò huyết quanh cống đập thì chưa phát huy
mục tiêu ban đầu của dự án. Nếu để lâu, cống đập vận hành theo kiểu cũ thì bồi
lắng sẽ dữ dội, không đáp ứng được dung tích 90 triệu mét khối nước.
Cũng theo ông Nguyễn Văn Buội, để phát huy hiệu quả tối
đa trong thời gian tới, sở sẽ đề xuất tỉnh cần thu hồi hợp đồng cho các hộ dân
thuê đất bãi bồi vào tháng 4-2018. Các địa phương rà soát lại diện tích bãi bồi
nào trồng rừng được thì phát huy, không trồng được thì quản lý. Những xã nào đến
tháng 4-2018 chưa hết hợp đồng thì UBND xã chủ động thông báo với các hộ dân để
có kế hoạch thu hồi. Tháng 8-2018, vận hành xả nước cống đập.