Sở Y tế hiện có 7 phòng ban, 13 đơn vị trực thuộc và bệnh viện Lao sắp sửa hoàn thành. Tuyến huyện gồm 25 đơn vị: 7 bệnh viện đa khoa, 9 trung tâm y tế cấp huyện (đổi tên từ Trung tâm Y tế dự phòng) quản lý y tế tuyến xã, phòng khám đa khoa khu vực và 9 trung tâm dân số kế hoạch hóa gia đình cấp huyện (trực thuộc Chi cục Dân số - Kế hoạch hóa gia đình). Tuyến xã hiện có 8 phòng khám đa khoa khu vực, 175 trạm y tế - gồm trạm cấp xã và phân trạm ở các ấp, cồn vùng sâu.
Theo bà Nguyễn Thị Tình – Phó Giám đốc Sở Y tế, từ khi tách 3 đơn vị bệnh viện đa khoa, trung tâm y tế, phòng y tế (trực thuộc UBND huyện) theo Nghị định số 13, số 14 của Chính phủ, ngành đang gặp một số khó khăn trong việc phối hợp hoạt động. Việc bố trí mỗi phòng y tế trung bình có 2 bác sĩ làm nhiệm vụ tham mưu cho UBND huyện trên lĩnh vực chăm sóc sức khỏe là thừa, trong khi khối điều trị lại thiếu bác sĩ trầm trọng. Tại các trạm y tế, cán bộ chuyên trách dân số - kế hoạch hóa gia đình làm việc tại trạm nhưng không do trung tâm y tế huyện – đơn vị quản lý trạm y tế, trực tiếp quản lý và trả lương, mà do trung tâm dân số kế hoạch hóa gia đình quản lý và trả lương. Vì vậy, việc phối hợp công tác giữa nhân viên y tế trạm và cán bộ chuyên trách dân số không được tốt, ảnh hưởng ít nhiều đến công việc chung. Để giải quyết vấn đề này, theo bà Nguyễn Thị Tình, ngành chức năng cần sớm ban hành quy chế phối hợp rõ ràng để 3 đơn vị này dễ điều hành, giúp hoạt động y tế tuyến huyện ngày càng tốt hơn.
Đây cũng chính là vấn đề được đại biểu các tỉnh, thành đặt ra tại hội nghị về cải cách hành chính các tỉnh khu vực phía Nam do Bộ Nội vụ vừa tổ chức. Thứ trưởng Bộ Nội vụ Nguyễn Tiến Dĩnh cho biết, việc sắp xếp lại tổ chức bộ máy là yêu cầu tất yếu của quá trình cải cách hành chính. Việc sắp xếp này nhằm đáp ứng được yêu cầu công việc theo nguyên tắc: tất cả mọi hoạt động hành chính phải được thông suốt và thống nhất trong bộ máy hành chính nhà nước. Chủ trương tách 3 cơ quan chuyên môn của ngành y tế cũng nhằm đáp ứng yêu cầu thông suốt, thống nhất này. Về những vướng mắc ban đầu, Bộ Nội vụ sẽ có ý kiến để ngành chức năng sớm có quy chế phân định rõ trách nhiệm của mỗi đơn vị.
