Theo Thông tư số 197/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí đường bộ theo đầu phương tiện, đối với xe mô-tô thì UBND xã, phường, thị trấn (sau đây gọi là UBND cấp xã) là cơ quan thu phí đối với xe mô-tô của tổ chức, hộ gia đình và cá nhân (chủ phương tiện) trên địa bàn.
UBND cấp xã chỉ đạo tổ dân phố (hoặc thôn) hướng dẫn kê khai phí sử dụng đường bộ đối với xe mô-tô của chủ phương tiện trên địa bàn theo mẫu số 02 tại Phụ lục số 04 ban hành kèm theo Thông tư này và tổ chức thu phí.
Chủ phương tiện thực hiện kê khai và nộp phí như sau: Đối với xe mô-tô phát sinh trước ngày 1-1-2013 thì tháng 1-2013 thực hiện khai, nộp phí cả năm 2013, mức thu phí 12 tháng. Đối với xe mô-tô phát sinh ngày 1-1-2013 trở đi thì việc khai, nộp phí thực hiện như sau: Thời điểm phát sinh từ ngày 1-1 đến ngày 30-6, chủ phương tiện phải khai, nộp phí đối với xe mô-tô, mức phí bằng ơ mức thu năm. Thời điểm phát sinh từ 1-7 đến 31-12 hàng năm thì chủ phương tiện thực hiện khai, nộp phí vào tháng 1 năm 2014 (chậm nhất ngày 31-1) và không phải nộp phí đối với thời gian còn lại của năm phát sinh. Khi thu phí bảo trì đường bộ đối với xe mô-tô, cơ quan thu phí phải lập và cấp biên lai thu phí cho đối tượng nộp phí theo quy định.
Các trường hợp miễn thu phí: xe mô-tô của lực lượng công an, quốc phòng, xe mô-tô của chủ phương tiện thuộc các hộ nghèo theo quy định của pháp luật về hộ nghèo.
Nghị quyết số 05/2013 của HĐND tỉnh về việc quy định mức thu, quản lý và sử dụng phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện đối với xe mô-tô trên địa bàn tỉnh, quy định mức thu phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện đối với xe mô-tô (không bao gồm xe máy điện, xe máy chuyên dùng theo quy định tại Khoản 20, Điều 3 Luật Giao thông đường bộ): loại có dung tích xi-lanh đến 100cm3, mức thu 50.000 đồng/năm; loại có dung tích xi-lanh trên 100cm3, mức thu 110.000 đồng/năm. Các phường, thị trấn là đơn vị thu phí được để lại 10% số phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện thu được đối với xe mô-tô trên địa bàn để trang trải chi phí tổ chức thu theo quy định. Các xã là đơn vị thu phí được giữ lại 20% số phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện thu được để trang trải chi phí thu theo quy định. Số tiền còn lại cơ quan thu phí phải nộp (hàng tuần) vào tài khoản của Quỹ bảo trì đường bộ địa phương mở tại Kho bạc Nhà nước (trường hợp tỉnh chưa lập Quỹ bảo trì địa phương thì nộp vào ngân sách tỉnh) và sử dụng theo quy định tại Thông tư liên tịch số 230/2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính - Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải hướng dẫn chế độ quản lý, sử dụng, thanh toán, quyết toán Quỹ bảo trì đường bộ.
Ngày 7-8-2013, UBND tỉnh Bến Tre ban hành Quyết định số 1349 về việc thành lập Quỹ bảo trì đường bộ tỉnh Bến Tre. Theo đó, Quỹ bảo trì đường bộ tỉnh Bến Tre là Quỹ của Nhà nước, trực thuộc UBND tỉnh, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản mở tại Kho bạc Nhà nước (sau đây gọi chung là Quỹ). Nguyên tắc hoạt động của Quỹ là không vì mục đích lợi nhuận, bảo đảm công khai, minh bạch, hiệu quả, sử dụng đúng mục đích và phù hợp với quy định của pháp luật. Nguồn hình thành Quỹ: phí sử dụng đường bộ được thu hàng năm trên đầu phương tiện giao thông cơ giới đường bộ; ngân sách Nhà nước cấp bổ sung hàng năm cho Quỹ; các nguồn thu liên quan đến sử dụng đường bộ và các nguồn thu khác theo quy định của pháp luật. Cơ cấu tổ chức của Quỹ gồm: Hội đồng quản lý và Văn phòng Quỹ.
Theo ông Nguyễn Thanh Phong - Phó Chánh Văn phòng Quỹ bảo trì đường bộ tỉnh Bến Tre, Quỹ đã tham mưu UBND tỉnh tổ chức hội nghị triển khai cấp tỉnh cho lãnh đạo UBND, phòng Tài chính, phòng Kinh tế và hạ tầng các huyện, thành phố. Hiện các huyện, thành phố (trừ huyện Bình Đại) đã tổ chức triển khai đến xã, phường, thị trấn. Trong tháng 10-2013, các xã, phường, thị trấn tổ chức kê khai và thu phí. Sang năm 2014, việc thực hiện khai, nộp phí chia thành 2 đợt như tinh thần Thông tư số 197.
Đối với Bến Tre, HĐND tỉnh căn cứ tình hình thực tế của địa phương và quyết nghị mức thu thấp nhất so với biểu mức thu phí sử dụng đường bộ ban hành kèm theo Thông tư số 197 hướng dẫn chế độ thu, nộp, quản lý và sử dụng phí đường bộ theo đầu phương tiện (loại có dung tích xi-lanh đến 100cm3, mức thu từ 50.000-100.000 đồng/năm; loại có dung tích xi-lanh trên 100cm3, mức thu từ 100.000-150.000 đồng/năm). Cũng theo ông Phong, việc thu phí được căn cứ trên đầu phương tiện, có phương tiện tham gia lưu thông phải nộp phí. Tổ chức, hộ gia đình và cá nhân (chủ phương tiện) quản lý sử dụng bao nhiêu phương tiện phải nộp mức phí tương ứng theo quy định. Chủ phương tiện thực hiện khai, nộp phí ở nơi thuận lợi nhất, không cần thiết phải về nơi đăng ký hộ khẩu thường trú hoặc nơi đăng ký mô-tô, xe máy để khai và nộp. Khi nộp phí, chủ phương tiện được nhận biên lai thu phí sử dụng đường bộ. Theo Nghị định 71/2012 của Chính phủ, trong đó có sửa đổi bổ sung Điều 33 của Nghị định số 34/2010 nêu rõ: Phạt tiền từ 800.000 đồng đến 1.200.000 đồng đối với chủ xe mô-tô, xe gắn máy; các loại xe tương tự mô-tô vi phạm một trong các hành vi sau đây: không mua hoặc nộp phí cho phương tiện khi tham gia giao thông theo quy định.
Được biết, Thông tư số 197 có hiệu lực thi hành kể từ ngày 1-1-2013. Thông tư này bãi bỏ các nội dung quy định về phí sử dụng đường bộ đối với đường bộ đầu tư bằng vốn ngân sách Nhà nước tại Thông tư số 90/2004 của Bộ Tài chính hướng dẫn thu, nộp, quản lý và sử dụng phí đường bộ. Cụ thể đối với xe mô-tô không còn áp dụng thu gián tiếp qua xăng dầu, xóa trạm thu phí nộp ngân sách Nhà nước, chỉ đóng phí trạm BOT (hợp đồng Xây dựng - Kinh doanh - Chuyển giao). Theo ý kiến của các cơ quan chức năng, việc thu phí qua đầu phương tiện là phù hợp với điều kiện hiện nay để hình thành vốn cho Quỹ bảo trì đường bộ, đáp ứng nhu cầu bảo trì đường bộ và củng cố để đảm bảo sự công bằng trong xã hội và giảm gánh nặng cho ngân sách Nhà nước.