(Theo Nghị định số 107/2006/NĐ-CP ngày 22-9-2006 của Chính phủ, quy định xử lý trách nhiệm của người đứng đầu cơ quan, tổ chức, đơn vị khi để xảy ra tham nhũng trong cơ quan, tổ chức, đơn vị do mình quản lý, phụ trách)
Nghị định này áp dụng đối với người đứng đầu cơ quan, tổ chức, đơn vị (CQTCĐV) trong các cơ quan Nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị-xã hội, đơn vị vũ trang nhân dân, đơn vị sự nghiệp, doanh nghiệp của Nhà nước và cơ quan, tổ chức, đơn vị khác có sử dụng ngân sách, tài sản của Nhà nước. Cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV (nêu trên) cũng phải bị xử lý trách nhiệm khi để xảy ra tham nhũng trong lĩnh vực công tác và trong đơn vị do mình trực tiếp phụ trách.
Về nguyên tắc xử lý trách nhiệm, Điều 4 Nghị định quy định: Người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV nếu phải chịu trách nhiệm trực tiếp về việc để xảy ra hành vi tham nhũng trong CQTCĐV do mình quản lý, phụ trách thì bị xử lý kỷ luật theo quy định của Nghị định này hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự, nếu có đủ dấu hiệu cấu thành tội phạm theo quy định của pháp luật. Người đứng đầu CQTCĐV nếu phải chịu trách nhiệm liên đới về việc để xảy ra hành vi tham nhũng trong CQTCĐV do mình quản lý, phụ trách thì bị xử lý kỷ luật theo quy định của Nghị định này. Trường hợp vụ, việc tham nhũng xảy ra liên quan đến nhiều CQTCĐV thì ngoài CQTCĐV xảy ra vụ, việc tham nhũng, người đứng đầu hoặc cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV liên quan có người vi phạm cũng phải chịu trách nhiệm liên đới theo quy định của Nghị định này.
Điều 5 của Nghị định xác định: “Cấp phó của người đứng đầu” CQTCĐV là người được phân công giúp người đứng đầu quản lý, phụ trách một lĩnh vực công tác nhất định trong CQTCĐV hoặc một số đơn vị trực thuộc của CQTC. “Trách nhiệm trực tiếp” là trách nhiệm của người đứng đầu hoặc cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV đối với hành vi tham nhũng của người do mình trực tiếp quản lý, giao nhiệm vụ hoặc xảy ra trong lĩnh vực công tác, trong CQTCĐV do mình trực tiếp quản lý, phụ trách. “Trách nhiệm liên đới” là trách nhiệm của người đứng đầu CQTCĐV đối với hành vi tham nhũng xảy ra trong lĩnh vực công tác, trong đơn vị do cấp phó của mình trực tiếp phụ trách; của người đứng đầu hoặc cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV liên quan có người vi phạm trong trường hợp vụ, việc tham nhũng xảy ra liên quan đến nhiều CQTCĐV.
Khi xử lý kỷ luật đối với người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV để xảy ra tham nhũng trong CQTCĐV do mình quản lý, phụ trách, cơ quan thẩm quyền sẽ thực hiện theo trình tự xem xét xử lý kỷ luật đối với cán bộ công chức (CBCC) theo quy định pháp luật và thực hiện theo các nguyên tắc: căn cứ vào sự phân công, phân cấp quản lý trong cơ quan, tổ chức, đơn vị để xác định mức độ chịu trách nhiệm trực tiếp hoặc trách nhiệm liên đới; căn cứ vào mối quan hệ công tác giữa trách nhiệm quản lý của người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu với hành vi tham nhũng của người dưới quyền.
Luật quy định mức độ của vụ, việc tham nhũng (Điều 3 Nghị định), đây là căn cứ để xác định trách nhiệm của người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV. Vụ, việc tham nhũng được chia theo các mức độ tùy theo hành vi tham nhũng của người vi phạm và mức hình phạt (theo Bộ luật Hình sự): tham nhũng ít nghiêm trọng là vụ, việc mà trong đó người có hành vi tham nhũng chưa đến mức bị truy cứu trách nhiệm hình sự hoặc bị truy cứu trách nhiệm hình sự và bị xử phạt bằng hình thức cải tạo không giam giữ đến 3 năm hoặc bị tù đến 3 năm; tham nhũng nghiêm trọng là vụ, việc mà trong đó người có hành vi tham nhũng bị phạt tù từ 3 năm đến 7 năm; tham nhũng rất nghiêm trọng (bị phạt tù từ 7 năm đến 15 năm); tham nhũng đặc biệt nghiêm trọng (bị phạt tù từ 15 năm trở lên, tù chung thân hoặc tử hình).
Về hình thức xử lý kỷ luật, Điều 7 Luật quy định: Người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV nếu để xảy ra vụ, việc tham nhũng trong CQTCĐV do mình quản lý, phụ trách thì tùy theo tính chất, mức độ của vụ, việc sẽ bị xử lý kỷ luật như sau: áp dụng hình thức khiển trách, cảnh cáo hoặc cách chức đối với người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV là CBCC (theo Pháp lệnh CBCC) và viên chức quản lý doanh nghiệp Nhà nước; người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV thuộc tổ chức chính trị - xã hội - nghề nghiệp, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, tổ chức xã hội thì bị xử lý kỷ luật theo quy định tại điều lệ của tổ chức đó; người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu cơ quan, đơn vị là sĩ quan, hạ sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp trong quân đội nhân dân và công an nhân dân thì bị xử lý kỷ luật theo quy định của pháp luật đối với sĩ quan, hạ sĩ quan, quân nhân chuyên nghiệp trong QĐND và CAND.
Hình thức khiển trách được áp dụng trong trường hợp người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV để xảy ra vụ, việc tham nhũng nghiêm trọng hoặc nhiều vụ, việc tham nhũng ít nghiêm trọng trong CQTCĐV do mình quản lý, phụ trách. Hình thức cảnh cáo được áp dụng đối với trường hợp xảy ra vụ, việc tham nhũng rất nghiêm trọng hoặc nhiều vụ, việc tham nhũng nghiêm trọng. Hình thức cách chức được áp dụng đối với trường hợp xảy ra vụ, việc tham nhũng đặc biệt nghiêm trọng hoặc nhiều vụ, việc tham nhũng rất nghiêm trọng.
Luật quy định một số trường hợp loại trừ trách nhiệm, miễn, giảm nhẹ hoặc tăng nặng hình thức kỷ luật đối với người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu CQTCĐV như: được loại trừ trách nhiệm trong trường hợp họ không biết hoặc đã áp dụng các biện pháp cần thiết để phòng ngừa, ngăn chặn hành vi tham nhũng; được miễn xử lý kỷ luật nếu trước họ đã tự nguyện xin từ chức và được cấp có thẩm quyền chấp thuận, khi để xảy ra tham nhũng và bị xử lý kỷ luật bằng hình thức khiển trách; được giảm nhẹ một mức kỷ luật nếu thuộc trong các trường hợp như: đã có đơn xin từ chức (được chấp thuận), đã thực hiện các biện pháp ngăn chặn và khắc phục hậu quả, đã xử lý nghiêm minh và báo cáo kịp thời với cấp trên; người đứng đầu (hoặc cấp phó), nếu không thực hiện các biện pháp cần thiết nhằm ngăn chặn, khắc phục hậu quả của hành vi tham nhũng hoặc nếu phát hiện hành vi tham nhũng mà không xử lý nghiêm minh, không báo cáo kịp thời với cơ quan, tổ chức có thẩm quyền thì phải tăng nặng một mức kỷ luật.